La filosofía nominalista no había podido asentarse en la Universidad de Salamanca a principios del siglo XVI, tras haber rechazado la cátedra de nominales tanto Pedro Sánchez Ciruelo como Miguel Pardo, y no haber llegado a ocuparla Tomás Durán. Y quien podría considerarse el primer nominalista del estudio salmantino, Juan de Oria, que en 1509 había llegado a la cátedra de filosofía de Escoto (dedicada al pensamiento filosófico del fraile franciscano Juan Duns Escoto), tuvo que afrontar la dura oposición ejercida por los dominicos contra sus métodos didácticos que recomendaban la lectura directa de la biblia, como se hacía en Alcalá. 

Ante la imposibilidad de atraer a más nominalistas españoles, se optó por buscarlos entre los profesores de la Universidad de París, como fue el caso de fray Alonso de Córdoba, llegado a Salamanca para ejercer como maestro de artes. Por esta misma vía llegaría a la Universidad de Salamanca Juan Martínez Silíceo, para incorporarse en 1517 como profesor y como colegial de San Bartolomé. Nacido en 1486 en la localidad extremeña de Villagarcía de la Torre, sus primeros estudios los tomó en Llerena, de donde salió para formarse en Valencia y París, en cuya universidad fue discípulo de Juan de Celaya y John Dullaert, de los que aprendió las teorías físico-matemáticas del movimiento que venían del Merton College de Oxford. En la Universidad de París ejerció diez años como maestro de artes, en los que profundizó en el estudio de las matemáticas, disciplina que consideraba el camino para alcanzar la verdad y el conocimiento divino.

En 1513 publicó su “Libro de aritmética práctica”, que sería el anticipo de su gran obra, “Ars arithmetica Ioannis Martini Silicei, in theoricen & praxim scissa, omni hominu[m] co[n]ditioni perq[uam] vtilis & necessaria”, cuya primera edición está fechada en 1514 y firmada con el apelativo de Silíceo, en lugar de su segundo apellido original, Guijarro. En la primera parte de esta obra elabora una exposición de la tradición grecolatina en aritmética pitagórica siguiendo a Moderato de Gades, Nicómaco de Gerasa y Boecio, tratando del concepto de número y sus propiedades, proporciones, representación gráfica de números planos y sólidos y los distintos tipos de media (aritmética, geométrica y armónica). En la segunda parte incluye las tradiciones árabe y la del grupo de calculadores de Oxford, y expone las operaciones elementales, el sistema de numeración decimal, la extracción de raíz cuadrada y cúbica, las pruebas para comprobar que las operaciones estaban bien hechas, uso del ábaco, fracciones físicas o astronómicas, la división de la esfera celeste en doce signos, sus grados, minutos, segundos…, quebrados y regla de tres.

Martínez Silíceo comienza su magisterio en Salamanca como profesor de artes, pasando en 1518 a ocupar la cátedra de lógica nominal y en 1522 la cátedra de filosofía natural, a la muerte de Juan de Ortega. Su llegada al estudio salmantino supone no sólo la consolidación del nominalismo, sino una renovación académica, con la instauración del modelo parisino de enseñanza, en el que se combina la lección del profesor con preguntas y debates entre los estudiantes sobre la materia explicada. Llegaron también con Silíceo las reminiscencias del grupo de calculadores de Oxford, a través de una edición salmantina del “Liber Calculationum” de Richard Swineshead, así como las enseñanzas de los físicos matemáticos como Jean Buridán o Nicolás de Oresme, sobre el aumento y disminución de las cualidades, las teorías del continuo, de las proporciones,… Esta vía parisina de la física, importada a Salamanca, apostaba por la observación y la experimentación, buscando la formulación de leyes matemáticas con las que explicar el comportamiento de los fenómenos físicos.

En Salamanca Silíceo publica en 1520 su “Calculatoris suiset anglici sublime et prope divinum opus in lucem recenter emissium”, a la que se unen otras obras como “Dialéctica” o “Lógica Magna”, “Quaestiones” al libro “Peri hermenaiaias” del que fuera su maestro Dullaert de Gante, y “Lógica brevis”.

En 1525 Silíceo alcanzó el cargo de canónigo magistral de Coria (Cáceres) y en 1527 formó parte, junto a otros profesores salmantinos, de la Conferencia celebrada en Valladolid para examinar la ortodoxia de las obras de Erasmo de Rotherdam. También intervino en la respuesta a la consulta sobre el divorcio de Enrique VIII y en 1534 fue designado por el emperador Carlos I como preceptor de su hijo, el futuro rey Felipe II. Su carrera eclesiástica continuó con los cargos de obispo de Cartagena en 1541 y arzobispo de Toledo en 1546, donde su gran labor lo llevó a ser nombrado cardenal en 1555, falleciendo en 1557.

Entre los discípulos de Silíceo cabe destacar al médico y filósofo Gómez Pereira, que alcanzaría fama como defensor de las teorías nominalistas, de que el conocimiento se alcanza desde la experiencia y la razón, enfrentándose así a la autoridad de los filósofos realistas de la escolástica. Dedicado a ejercer la medicina en Medina del Campo, Pereira escribió en 1554 su ”Antoniana Margarita, opus nempe Physicis, Medicis et Theologis non minus utile quam necessarium. Per Gometium Pereiram, medicum Metimnœ Duelli, quœ Hispanorum lingua Medina del Campo appellatur, nunc primum in lucem editum. Anno MDLIV, decima quarta die Mensis Augusti”, en homenaje a su maestro Silíceo, obra contra la que se lanzaron furibundas críticas de los defensores del pensamiento escolástico, como las contenidas en las “Objetiones” publicadas en 1555 por Miguel de Palacios, catedrático de teología de la Universidad de Salamanca.