Las ausencias de Sancho de Salaya en la cátedra de astronomía/matemáticas, mientras ejercía como médico del Consejo de la Inquisición, habían venido siendo cubiertas a principios del siglo XVI por otros maestros del estudio, como el catedrático de lógica y mercedario Fray Domingo de San Juan, así como profesores sustitutos.
En esta condición fue nombrado Juan Sánchez de Olivares, en 1522 bajo la fórmula de “regente de la cátedra de astronomía”, para pasar en 1527 a ejercerla por oposición como sustitución permanente o “media multa”.
A la muerte de Juan en 1536 es sucedido en la sustitución por su hijo Alonso, hasta que en 1551 cayera enfermo y falleciera, siendo encomendada la sustitución de la cátedra al portugués Francisco Calado, que no llegó a ejercerla al ser nombrado sustituto el bachiller Rodríguez, hasta que la vacante fue provista en 1552, con el nombramiento como catedrático de astronomía de Juan de Aguilera, que también había ejercido anteriormente de sustituto de Sancho de Salaya, en 1538.
Juan de Aguilera era natural de Salamanca, se había licenciado en Medicina en 1532, doctorándose tan solo tres años después. En 1530, siendo todavía bachiller médico, publicó su obra “Canones astrolabii universalis”, que editaría de nuevo mejorada en 1554, donde resuelve problemas de astronomía y geometría práctica. De 1540 a 1551 viajó por Italia, ejerciendo como médico del Cardenal Fray Juan Álvarez de Toledo, del Papa Paulo III y de su sucesor Julio III, hasta dejar el cargo en manos de su hermano, también médico y aficionado a la astronomía, Hernando de Aguilera. Durante su estancia en tierras italianas tuvo ocasión de colaborar con Juan Páez de Castro, impulsor de la Biblioteca del Escorial, y perfeccionar sus conocimientos médicos y astronómicos, aprendiendo de hombres de ciencia como Andrés de Laguna. De vuelta a Salamanca y alcanzada en 1552 la cátedra de matemáticas/astronomía en la Universidad, fue nombrado en 1554 tesorero del cabildo de la catedral, cargo en el que sucedió a otro de sus hermanos, Alfonso de Aguilera, ejerciéndolo hasta su fallecimiento en 1560.
El sucesor en la cátedra fue su hermano Hernando de Aguilera, que la ocupó desde 1560 hasta el año de su muerte, 1576. Fue nombrado entonces para ocupar la cátedra a “media multa” Álvaro González de Talavera, que apenas impartió clases, por lo que entre 1577 y 1578 se encargó la docencia de astrología-matemática, en condición de sustituto, el catedrático de retórica, Francisco Sánchez de Brozas, el Brocense.
El interés por las matemáticas del Brocense se había demostrado en su obra “Declaracion y vso del relox español entretexido en las armas de la muy antigua, y esclarescida casa de Rojas, con el mesmo relox agora nueuamente compuesto por Hugo Helt Frisio; Y romançado por Francisco Sanchez natural de las Broças; con algunas addiciones del mesmo” (1549) y se volvió a demostrar al publicar un manual para sus estudiantes de astronomía, titulado “Sphaera mundi ex variis autoribus concinnata per Franciscum Sanctium Brocensem” (1579).
También aparece por entonces ejerciendo la docencia en esta cátedra Bartolomé de Barrientos, maestro en artes por la Universidad de Zaragoza, que venía impartiendo clases de gramática en Salamanca desde 1552, alcanzando la regencia de la disciplina entre 1562 y 1574, y publicando varias obras en las que demostró sus conocimientos matemáticos, como “Cometarum explicatio atque praedicto liberalium artium” (1574).
Vendría luego Jerónimo Muñoz, incorporado en 1579 como profesor de astrología en Salamanca, que había estado ejerciendo de catedrático de hebrero y matemáticas en la Universidad de Valencia entre 1563 y 1578. Nacido en Valencia en 1520, en cuya Universidad se graduó como bachiller en artes en 1537, completó su formación en París y Lovaina, trabajando como cartógrafo y llegó a ejercer como catedrático de hebreo en la Universidad de Ancona, antes de regresar a Valencia en 1556. Muñoz consideraba las matemáticas como una ciencia aislada, “fundamento de la astrología, la geografía y la náutica, así como medio muy conveniente de acostumbrar a los jóvenes a pensar y discurrir rectamente”. Destacar entre sus obras “Institutiones arithmeticae ad percipiendam astrologiam et mathematicas facultates necesarieae” (1566), “Libro del nueuo cometa y del lugar donde se haze[n] y como se vera por las Parallaxes quan lexos estan de tierra y del prognostico deste” (1573) donde se muestra contrario al heliocentrismo al escribir sobre el cometa aparecido el 11 de noviembre de 1572 en la constelación de Casiopea, “Suma del pronostico del Cometa y de la Eclipse de la Luna” (1578). También escribió un “Tractatus de astrología”, y en 1587 fue comisionado por el rey Felipe II, sucesor del emperador Carlos I, para la nivelación de los ríos que debían llevar el agua a Murcia.
Entre 1582 y 1586 la Universidad de Salamanca contó como profesor sustituto de teología y matemáticas con el mercedario Fray Pedro (Nuñez) Machado, que después de concurrir a diversas cátedras sin lograr ocupar ninguna, dejó el estudio salmantino para consagrarse al servicio de su orden religiosa.
En 1591 se celebra un nuevo concurso a la cátedra de astronomía/matemáticas en la Universidad de Salamanca, que es ganada por Diego Pérez de Mesa, quien había sido alumno de Jerónimo Muñoz. Pero no llegó a tomar posesión, decidiéndose por permanecer en Alcalá donde ya era catedrático desde 1586, para pasar en 1595 a la Universidad de Sevilla, donde se convertiría en un afamado cosmógrafo.
Vendrían entonces a ocuparse de la enseñanza de las matemáticas profesores como el bachiller Alonso González, que se incorporó en 1588 a Salamanca, a cuya muerte le sucedería en 1591 el licenciado Gabriel Serrano, otro alumno de Jerónimo Muñoz, que había nacido en Castalla y ocupó hasta su muerte en 1598 la cátedra de Matemáticas. Aunque Serrano no llegó a publicar ninguna obra, dejo varios manuscritos de matemáticas y astronomía, manteniendo correspondencia con Christoph Clavius, el matemático jesuita más destacado de su época.
También entre 1591 y 1593 cabe citar a Antonio Rodríguez como profesor de matemáticas en Salamanca, el que fuera autor en 1596 de “Arte de calcular” y “Práctica y teórica por guarismo de repente, y reducción de todas las monedas y pesos de diferentes reinos”, obra notable esta última, que siguió reimprimiéndose hasta 1839.
En 1598 es nombrado para el cargo de catedrático de matemáticas/astrología de la Universidad de Salamanca Antonio Nuñez de Zamora, también discípulo de Jerónimo Muñoz. Nacido en Villoruela (Salamanca) en 1565, se había graduado en medicina por Salamanca, disciplina que también ejercía, lo que le llevó a ocupar en 1612 la cátedra de medicina. Entre las obras que publicó, antes de fallecer en 1640, destaca la publicada en 1600, “Pragmática del eclipse de sol que se hizo el año de 1600 a 10 de julio y del de luna a 29 de febrero”, así como un análisis astronómico publicado en 1610, “Liber de cometis: in quo demonstratur Cometam anni 1604 fuisse in firmamento ; y en romance el juyzio de la maxima conjunction del año de 1603”, sobre lo que vino a ser la última explosión de una surpernova de la Vía Lactea, observada antes de la invención del telescopio, y que también fue estudiada por Johannes Kepler. En esta obra Nuñez de Zamora cita con frecuencia a Copérnico y defiende el carácter demostrativo de las matemáticas y la certeza de las conclusiones a las que llegan los matemáticos, lo que le lleva a explicar la ausencia de paralelaje en los cometas por estar engendrados en los cielos, deduciendo que los cielos son corruptibles.