Chacón nació en Toledo, pero no se formó en la Universidad de Alcalá, que le quedaba más cerca, sino en la Universidad de Salamanca, al menos entre 1555 y 1562. Podemos afirmar que no se doctoró en Teología en Salamanca, como defiende Macarena M. Moraleja Ortega; tampoco se licenció en nuestra Academia, aunque era licenciado cuando dejó esta ciudad rumbo a Roma en 1572.
Era un joven muy aficionado a las matemáticas y al griego, materia que dominó rápidamente a pesar de haberla aprendido mayoritariamente de forma autodidacta. Algunos dicen que fue catedrático de griego en la salmantina y que declinó varios ofrecimientos de esta Universidad para trabajar en ella. En los registros universitarios figura entonces como “licenciado”. No se constata que haya sido profesor de la misma, aunque sí consta reiteradamente el prestigio científico que disfrutaba y el conocimiento de la documentación institucional de su Alma Mater, circunstancias que determinaron el encargo que le hizo el claustro universitario para que redactara su historia.
Esta Universidad había ido tomando conciencia de la importancia de dar a conocer su influyente pasado como medio publicitario de su producto formativo, pues, a pesar de la tendencia alcista de la matriculación a lo largo del siglo XVI, se había empezado también a experimentar la competencia de otros centros educativos similares, como la Universidad de Alcalá de Henares. En este sentido podemos comprender el objetivo explícito de esta Historia…, para explicar –en palabras del propio Chacón- la importancia que esta universidad había tenido siempre y poner de manifiesto cómo en ella, “más que en ninguna otra del mundo”, se habían conservado la lealtad política y la ortodoxia religiosa. Con este trabajo expresa también Chacón la posibilidad de saldar parte de la deuda contraída con el Estudio, a través de lo mucho que dice haber recibido de él.
Esta Historia de la Universidad de Salamanca (Biblioteca Universitaria de Salamanca, ms. 465) contiene las referencias y/o las transcripciones de los más importantes documentos desde el año 1200 (fecha en la que fijaba su nacimiento Chacón). Recoge datos institucionales, políticos, económicos y científicos; y representa un impresionante esfuerzo recopilatorio de Chacón (en palabras de los claustrales salmantinos el día 28 de enero de 1572 -AUSA, 40, f. 23-); esfuerzo que se le agradecen con 300 reales.
Una vez terminado este trabajo, y siguiendo los consejos de sus amigos Francisco Salinas, fray Luis de León y Benito Arias Montano, marchó Chacón a Roma, llevando cartas de recomendación, entre otros, de Juan Gallo, bien conocido en las altas esferas del Vaticano. Allí estuvo al servicio del papa, primero en la revisión de la Biblia, de varios textos de los Santos Padres y del Decreto de Graciano. En reconocimiento a esta dedicación el papa le nombró canónigo de Sevilla, sede que nunca pisó, continuando en la curia romana trabajando en la comisión para la reforma del calendario hasta su prematura muerte.
Mantuvo una ágil correspondencia con prestigiosos cardenales y hombres de letras, lo que le permitió crecer intelectualmente y formar parte del brillante ambiente cultural de la cristiandad europea de aquellos años.
Era Chacón de carácter retraído, modesto, solitario, sin ambición, obsesionado por el anonimato y poco amigo de editar sus obras; por eso la mayoría se publicaron después de su muerte. Entre ellas: In Pomponium festum de verborum significatione. Venetiis, 1559. In Ioannis Cassiani Opera Annotationes (Roma: 1580). In Pomponium Mela Commentarium (Roma: 1582). In C. Julii Caesaris Commentarios Scholia Uberiora. In C. Crispum Sallustium Breviora. Impresas por Fulvio Orsini junto con su obra In historicos latinos (Roma: 1582). In Tertulliani Opera Coniecturae (Roma: 1584). In M. Terentii Varronis, libros de Lingua Latina, De Re Rustica Commentarium (Roma: 1587). In Arnobii Adversus Gentes libros octo, Minutti Foelices Octavium. Notae (Romae: 1582). De Nummis libri tres (Roma: 1586). De Triclinio romano libero Fulvi Ursinis Appendix (s.I.: In Officina Santandreana, 1590). Opuscula: In Columnae Rostratae inscriptionum. De ponderibus, De Mensuris, De Nummis (Lugduni Batavorum: Ex Off. Plantiniana apud Franciscum Raph, aelengium, 1597). De Accubitus in coena antiquorum origine (Amsterdam: Henricum Wetstemius, 1689). Historia de la Universidad de Salamanca que escribió… editada en Semanario Erudito. Madrid, 1789, Vol. 18, pp. 3-61). In S. Isidori Praesulis Hispalensis Etymologiarum Libros XX (según Juan Grial la obra debía imprimirse en Madrid a expensas de Felipe II; Grial la utilizó, pero no se sabe si la impresión se llevó a cabo). Quedan aún manuscritas las siguientes: Fragmento de Astrologia. Annotationes in Sphaeram Ioannis de Sacrobosco. In decretum Gratiani Correctiones. E In Plinium notae.
Una copiosa producción literaria y científica con comentarios a Pomponio Mela, Casiano, Sacrobosco, Julio César, Tertuliano, Terencio, Arnobio, San Isidoro, el Decreto de Graciano y también sobre costumbres de los romanos, medidas, y calendarios. He aludido también a uno de sus trabajos clave para el futuro: la edición del Compendium novæ rationis restituendi calendarium a Gregorio XIII pontifice máximo ad principes christianos et celebérrimas quasque academias missum anno Domini 1577, que dejara manuscrito Lilio con una propuesta para la reforma del calendario. En mi opinión, la base discursiva de este proyecto de reforma procedía de un informe solicitado por el papa a la Universidad de Salamanca en 1515, en el contexto del V Concilio de Letrán. Desafortunadamente, Chacón murió antes de ver culminado este trabajo vaticano de reforma del calendario y antes, pues, de la publicación del Calendario Gregoriano que hoy rige a la humanidad, aunque nadie duda de su importantísima contribución a la redacción del mismo.