Al grupo de físicos matemáticos de la Universidad de Salamanca, alineados con la filosofía nominalista y seguidores corrientes científicas de la Universidad de París, a su vez herederas de los calculadores de Oxford, se incorporó en 1517 el cosmógrafo y matemático portugués Pedro Margalho, a partir de 1520 como colegial de San Bartolomé.

Nacido en 1474 en Helvás, había estudiado en París entre 1490 y 1510, donde alcanzó los títulos de maestro en artes y doctor en teología, que le sirvieron para incorporarse como profesor a la Universidad de Valladolid, desde donde llegó a Salamanca. En 1520 publicó su obra fundamental, “Phisices compendium”, una síntesis de la cosmografía basada en las teorías de Ptolomeo, conectando los fenómenos celestes y terrestres desde una original perspectiva computacional, inspirada por las ideas pitagóricas de geometrización del espacio. Concebida a modo de manual práctico, donde se recogen datos de la experiencia de los navegantes portugueses (como por ejemplo dividir el mapa en trescientos sesenta grados o miríadas, haciendo corresponder un grado con dieciséis leguas más dos tercios), el texto se divide en cuatro tratados. En el primero se recogen las nociones de filosofía natural, tal como se estudiaban en aquel momento. El segundo es un “tratado de la esfera”, que analiza la cosmografía a raíz del descubrimiento de América, a la que considera la cuarta parte de la tierra, junto con Asia, África y Europa. El tercero es un “tratado de la proporción” en diez capítulos, que comienzan con la caracterización de la proporción de Boecio, para desarrollar luego las clases de proporciones y sus reglas, incluyendo demostraciones, corolarios y ejemplos. En el último tratado, titulado “Phisices epithome”, se trata sobre el movimiento, la causa, el lugar, el vacío, el tiempo y el alma.

Estos conocimientos hicieron que Margalho fuera designado en 1524 por el rey Juan III de Portugal, para participar en la Junta de expertos españoles y portugueses que se reunió en Badajoz y Helvás para debatir la posesión de las Islas Molucas. Y en 1527 fue uno de los profesores de la Universidad de Salamanca que intervino en la Conferencia de Valladolid que examinó las tesis de Erasmo de Rotherdam. Justo dos años antes, en 1525, había obtenido la cátedra de teología moral en el estudio salmantino, compitiendo en 1526 por la cátedra prima de teología que finalmente obtuvo Francisco de Vitoria.

Siendo profesor en Salamanca, pasó a residir tres años en Cuenca, como rector del Colegio de Santiago de esa ciudad. En 1529, de nuevo a propuesta del rey portugués Juan III, Pedro Margalho es nombrado en preceptor del hermano del rey, el infante D. Alfonso, y de su hijo natural D. Duarte. Esto le lleva a abandonar Salamanca e incorporarse como catedrático de prima teología a la Universidad de Lisboa, donde ejercería de vicerrector.
A partir de 1533 pasa a ocupar el cargo de Canónigo de la catedral de Évora, donde fue sepultado tras su fallecimiento en 1556.